11月12日，南京危城已成破城，中华门、中山门等多处阵地被突破，城外，只有紫金山主峰还在教导总队手里。驻守下关的第36师已奉调进城，准备与日军进行巷战。凌晨2时许，唐生智的卫戍司令长官部里，告急电话此起彼伏。唐生智双眉紧锁，身患痢疾的身躯更加消瘦了。他已无心品茶了，只是大口大口地抽烟。突然，他把烟头一扔：
“叫运输司令。”
运输司令周鳌山是唐生智的老部下，唐生智在湖南主事时，周鳌山任过教育厅长，长期在唐生智身边做幕僚。听到唐生智这时叫他，心里早明白了几分，唐司令长官恐怕要准备向江北澈退了。
“南京的局面已经如此，你的运输准备如何？”唐生智的心思果然让他给猜中了。
“我当尽一切力量满足需要。”周鳌山赶紧回答。
“我问的是你手上控制了多少运输力量。”
唐生智不满地追问。
“江上可用的船只，帆船有2000多只，机轮有13条。合起来，一次运6000人不成问题。不过……”周鳌山说到这，停住话头。
“说下去！”
“不过这些运输工具并不都归我指挥，而是由各部分散控制，调动困难。”
“我让36师宋希濂部队协助你把运输工具统管起来，速去办理！”
其实，唐生智对这道命令能否行得通，自己心里也没把握。手下的部队大多不是他的，命令下去常打折扣。唐生智恨恨地想：要是手下的兵全换成自己的湘军老部队，也不会败得这么惨。
正想着，参谋处长廖肯和参谋处第一科科长谭道平应召来到，罗卓英、刘兴和周斓也都齐聚唐生智的办公室。
唐生智面色严峻地对廖、谭二人说：
“现在南京城已被日军攻破，无法守卫了。委员长已有命令，叫我们撤退，你们赶快去拟定一份撤退命令！”
12日下午4时，南京城内已多处响起激烈的枪炮声，守城部队已与突入的日军展开激烈巷战。南京城内充满硝烟。唐生智紧急召集罗卓英、刘兴、周斓、余念慈及师长以上将领，召开了南京卫戍战中的最后一次会议。唐生智首先发言：“南京现在已十分危急，少数敌人业已冲入城内，在各位看来，以为尚有把握再行守卫否？”
大家彼此面面相觑，空气冷寂得使人不寒而栗。这时候，只见唐生智掏出一封电报：“蒋委员长来电：如情势不能久守时，可相机撒退，以策后图。”
念完电报，参谋默默发给每个人一份撤退命令和突围计划。大家急切地展开命令，只见上面写道：
首都卫戍司令长官作战命令特字第一号
12月12日下午3时
命令
于首都铁道部卫戍司令部
一、敌情如贵官所知。
二、首都卫戍部队决于本日晚，冲破当面之敌，向浙皖边区转进，我第七战区各部队，刻据守安吉、柏垫（宁国东北）孙家埠（宣城东南）杨柳铺（宣城西南）之线，牵制当面之敌，并准备接应我首都各部队之转进。又芜湖有我第76师，其南石镇有我第6师占领阵地，正与敌抗战中。
三、本日晚各部队行动开始时间，经过区域，及集结地区如另纸附表规定。
四、要塞炮及运动困难之各种火炮并弹药应即彻底自行炸毁不使为敌利用。
五、通信兵团除配属各部队者应随所配部队行动外，其余固定而笨重之通讯器材及城内外既设一切通讯网应协同地方通讯机关彻底破坏之。
六、各部队突围后运动，务避开公路，并须酌派部队破坏重要公路桥梁，阻止敌人之运动为要。
七、各部队官兵应携带4日炒米及食盐。
八、予刻在卫戍司令部，尔后到浦镇。
右令
司令长官唐生智
到会的将领们默默地读完命令和突围计划，无以言说的静寂刺激着每个人的神经。
唐生智沙哑的声音打破了沉寂，仿佛是从很远的地方飘过来的一样游荡在空中：
“战争不是在今日结束，而是在明日继续；战争不是在南京卫戍战中结止，而是在南京以外的地区无限地延展，请大家记住今日的耻辱，为今日的仇恨报复！各部队应指出统率的长官，如其因为部队脱离掌握，无法指挥时，可以同我一起过江。”
天黑了，紫金山满山都燃起大火，雨花台、中华门、通济门一带火光冲天，亮如白昼，南京城里一片混乱。
唐生智最后看了一眼仅仅22天的卫戍长官司令部自己的办公室，默默地取出500元钱和20瓶汽油交给卫士，转身头也不回地上了车。在他的身后，是卫士焚饶文件的办公室腾起的熊熊烈焰。这一把火，把唐生智誓与南京共存亡的铿锵誓言和坚强决心烧得一干二净。此时，涛涛长江，成了南京军民的生死线，成千上万毫无秩序的人们蜂拥向下关码头，仅有的几只渡船只要一靠岸，立刻就有无数人争先恐后夺命而上，毫不理会试图夺路而上的士兵们的鸣枪示警。一时间，、江边喊声、哭声、叫骂声和落水者的呼救声响成一片。
只有停在煤炭港海军码头的一艘小火轮，没人敢上，船上头戴钢盔的士兵架着机关枪，有敢大胆靠前的，立即毫不客气地射击。这艘船是专门为司令长官部准备的。
当初，唐生智为了表示与南京共存亡的决心，下令把所有大小船只一律交第36师严加看管，不准留有一条船，违令者以军法论处。结果，连长官部也没留下一条船。后来，南京形势日危，还是参谋长周斓极力主张把这条船留下来以防不测。这一下，长官部官佐们真是谢天谢地，多亏有了这条船，大家才能够死里逃生。
长官部的人马大部分都上船了，眼看着枪炮声越来越近，他们也顾不上自己的长官们了，大家一齐叫首，“快开船，不然谁也走不了。”唐生智的几名老部下坚决不干：“司令长官还没到，不能开船！”双方僵持了半天，费了九牛二虎之力好言好语才说服了众人。
足足等了一个小时，才看见一名副官陪着唐生智吃力地挤出人群，跌跌撞撞地向船上走来，一会儿，罗卓英、刘兴、周斓也在卫队护卫下上了船，可是，左等又等不见副参谋长余念慈的人影，又等了一小时，连唐生智也等不及了，急急下令开船。9时左右，船驶离了火光冲天的南京城，向漆黑的江北岸驶去。
一个小时后，一行人在浦口上岸，还打算沿铁路线奔安徽滁县，可是从当涂渡江的日军国琦支队已经占领了北岸的江浦线，直奔浦口杀来，吓得这些败军之将慌忙择路而逃，沿着公路向汤州的顾祝同部靠拢。
唐生智身患痢疾尚未复原，再加上惊吓，实在走不动了。副官找来一辆沾满牛粪的板车，唐生智一看：“这辆车如何可以坐呢?”没办法，只好由卫士扶着蹒跚前行，又走了一段路，唐生智一屁股坐在地下，再也走不动了：“副官，有没有车。”
副官小心翼翼地把那辆板车推到前面，“长官，还是这辆车，实在找不到别的车了。”
唐生智长叹一声：“我带兵20年，大小百余战，从未有今日之狼狈啊。”没办法，只好放下架子，爬上板车，让卫土们推着前行。
唐生智回首对岸的南京城，但见火光冲天，远远地可以清楚地听见飞机炸弹爆炸和枪炮声，紫金山像一个受伤的巨人在通天烈焰中痛苦地颤抖。
突然，唐生智觉得自己也掉进了无边的烈焰之中。一抬眼，一片大火挡住了去路。
前面的木桥燃起了熊熊大火，桥面还没有烧断，一旁的卫士们不由分说，护着唐生智的板车冲了过去。等唐生智清醒过来，大火已经被甩在了身后。13日早晨7时，疲惫不堪的一行人到了扬州，可是扑了空，顾祝同已带着部队转移到临淮关。还不错，他心里还想着身陷敌围的唐司令长官，临行前专门留下了六辆汽车。唐生智心里暗自庆幸，一行数百人这才坐上汽车直奔滁州……
12月12日下午5时下达撒退命令以后，各部队长官一个个像泄了气的皮球，只想着怎样赶紧脱身。有的人回到指挥部，一传达完撤退命令，也顾不上组织部队撤退，丢下成千上万的官兵，自己先跑了；第88师师长孙元良开完会，根本就没回指挥部传达撤退命令，拔腿就溜了。
撤退命令上明文规定，各部队分头突围，并且规定了每个部队的突围方向和集结地域。但是，只有第66军和第83军两支部队遵照命令执行。
第66军2个师从紫金山北麓趁天黑以后向南突围。将士们机智地寻找日军兵力的薄弱地带，从日军包围圈的间隙冲了出去。他们把机枪集中在队前，一路冲杀，且战且走，部队经马厂机场东侧、淳化镇、句容、溧阳，终于杀出一条血路，安全到达皖南宁国。
第83军当夜由牺霞山附近突围，也取得成功。
执行命令突围的这两支部队，都死里逃生。而拒不听命的大批部队却钻进了死胡同。其他各部都认为逃往江北还是生路。就都不顾命令，纷纷拥向东边，夺路而逃。从中山北路到挹江门，沿路挤满了争相逃命的各路兵马和老百姓，车辆、装备和人马相互拥挤践踏。一纸撤退命令，就使十万大军像一阵风似地被吹得七零八落，魂飞魄散。
人群蜂拥着冲到通往下关的挹江门，这是从城里通向江边码头的唯一通道。突然，人群一阵骚动，原来，面前是数十挺机枪黑洞洞的枪口，和荷枪实弹的士兵端着明晃晃的刺刀。第36师的官兵在执行唐生智的命令，阻止部队向江边撤退。
人群愣了片刻，又发疯似地向前冲去。
“哒哒哒……”机枪响了，子弹从人群的头顶上飞过。
“叭叭叭……”步枪、手枪声响起来。但是，这次是向城门方向射。人群中有的官兵和城上第36师的官兵对射起来。
枪一响，人群像决了堤的洪水，冲向城门，城门只开了一扇，人多门窄，人流从被挤倒在地的人们身上踏过去，没命地向江边冲去。一名被挤倒在门边的伤兵急红了眼，拉响了随身携带的手榴弹，“轰隆”一声，城门洞内血肉横飞。浓烟散过，无数双脚又无情地踏过残肢断臂，蜂拥而过。被遗弃道旁的伤兵们对着头也不回地逃命的同伴的背影破口大骂：“你们都逃了，把我们甩到这里，叫日军杀害，真令人伤心！他妈的，早知如此，谁肯打仗！”
近水楼台的第36师宋希濂部，用汽船拖着木船把第一批人马运到了江北。当船回到南岸后，岸边急子求渡的人们不管三七二十一都蜂拥上船，第36师被冲乱。到13日8时，整个36师只有3000余人渡过了江，半数以上的人马被困在了南岸。
第87师副师长兼261旅旅长陈颐鼎根本就没有接到司令长官下达的撤退命令。到12月12日下午，261旅就与师部中断了联系。中山门正面日军阵地上一片沉寂，只听到雨花台、中华门一带枪炮声激烈，紫金山大火烧红了半山，枪声却逐渐稀疏下来。陈颐鼎觉得有点儿不对劲，就对副旅长孙天放说：
“咱们一点外边的情况也不知道，跟师部也联系不上，是不是找邻近的教导总队马威龙旅问问情况？”
于是，孙天放派联络参谋刘平去马威龙指挥所。一会儿，刘平回来了。
“情况怎么样？”陈颐鼎急切地问。
“广东部队第83军已整队出了太平门，向东北方向去了。马威龙旅长也正在向左侧靠去。”
“他们到哪里去？”
“他们拒不答复。中山门到光华门一段城墙上已经没有一个守兵……”
陈颐鼎和孙天放面面相觑，坠入五里雾中。过了好长时间，陈颐鼎对孙天放说：
“天放，劳你大驾，带上一些人，亲自到左翼铁路附近观察一下吧。了解了情况好下决心！”
孙天放去了许久，直到13日零时才转了回来。他满面惊惶悲痛的神情，强压着一颗快要跳到喉咙的心：
“南京失守了！”
这声音似晴天霹雳把陈颐鼎从头打到脚，完了，全完了。部队现在是进退不得，右侧有溜冰厂高地的敌人封锁着向光华门的去路，正面踉敌人对峙着，背后是护城河。唯一的退路，就是向下关撒退。按常理，既然撤守南京，应先派出部队掩护主力撤退，并在江边备好渡江器材，供部队按计划渡江。
“怎么不见撤退命令？”陈颐鼎不明白。
“其他部队都在向下关走，我们不能孤军留在这里坐以待毙呀！”孙天放急了。
“可我们并没有得到撤退命令，擅自放弃阵地是要受军法制裁的！”
“我说旅长，我们也要及时应变哪！要不，把团长们找来共同商量一下。”
孙天放一再地把他看到的情况向团长们通报，坚持事到如今非走不可。团长们看看旅长不吭声，齐声说：“走不走，我们听旅长的。”
陈颐鼎心里清楚，走，这个“擅自撤守”的责任就得由他一人来承担。
“撤，可以！但要咱们大家负责。”陈颐鼎紧紧地盯住大家。
“可以，大家签字！”一个团长说。
陈颐鼎拿出个日记本请在场的一一签字，当他收回本子的时候，泪水溢出了眼眶。大家相对无言。陈颐鼎一拍桌子，大声宣布：
“521团第3营占领首苜蓿园到中山陵之线掩护，其余部队向下关撤退！”
261旅在夜色中从中山门出发，沿中山门通往太平门和玄武湖东侧通和平门的公路，往下关撤退。路过吴王坟医疗站，没送走的重伤号哭嚎着拦住去路，哀求把他们带走。部队没有运输工具，也没担架，只好丢下他们不管。
陈颐鼎听着身后重伤员撕心裂肺的哀嚎声，心如刀绞。
从13日凌晨3时，出发部队以急行军速度到了下关。沿途没遇上一个敌人。
玄武湖公园还是那么幽静，要不是城内冲天的大火，谁会想像得到，这是这个城市末日来临之夜呢。 清晨6时，部队赶到下关。只见无数的人群像没头苍蝇一样在江边乱窜。87师一个副官挤到陈颐鼎面前。陈颐鼎忙问：
“师长现在哪里？”
“师长昨天就过江走了……”副官话没说完，陈颐鼎就火冒三丈：
“他妈的，把我们这一旅人丢下不管！”
陈颐鼎忽然一下子觉得自己“擅自撤守”的责任没有了：“原来大官们早就跑了，自己还蒙在鼓里，稀里胡涂打了几天恶仗，长官们始终也没告诉过南京城防的全面战斗部署，临撤走的时候，连个通知也没有，这帮贪生怕死的官僚。”
陈颐鼎被人潮冲得前仰后合，他的部队被冲乱了，连副旅长孙天放也不知被人潮卷到哪里夫了。眼看江边无船，陈颐鼎免强收拢队伍奔煤炭港找船。
谁知到了那儿一看，煤炭港比下关还乱，人群拼命地争抢渡江器材，有的动手，有的动了枪。这儿也见不到船的影子，一心只顾逃命的人们也不管什么东西，只要能漂浮的东西就行。江面上漂满了抱着木板、澡盆、门板甚至粪桶的人，还有数不清的落水者在波涛汹涌的江面上伸手高声呼救。部队从这里集体渡江已不可能了。士兵们一看这情景，也顾不上等长官的命令，一哄而散各自逃生。有的忙着争抢漂浮工具，性急的干脆跳进江里向对岸泅渡，还有的奔向城内难民区躲藏去了。
午后3时，陈颐鼎带着所剩无几的部下往燕子矶奔去，路过乌龙山。乌龙山要塞的炮早已哑了。乌龙山下，一群工人还在继续修工事，正在浇灌混凝土。工人们看见他们的狼狈相，就主动打招呼：
“老总们，辛苦了！”
“不辛苦，你们这是干什么呀？”陈颐鼎不解地问。
“在修工事，打小日本用!”
“用不着了，快歇歇吧！”陈颐鼎向他们连连摆手。
“不能歇呀，长官，误了工期，误了国家大事，这可不行呀。”工人们没明白他的意思。
“多好的百姓呀！”陈颐鼎不敢多耽搁，急急赶路，刚走了一里地，就听到工地上响起了一阵枪声。他猜想一定是这群热心抗日的工人遭到了日军袭击。他无力去救助他们，反而加快了逃命的步子。
卫士们挟着陈颐鼎跑到江边，不知从哪儿找来一块两丈长的大木板，陈颐鼎一看这木板绝对载不了身边的这些人，与其落到江中淹死或被日军生俘，倒不如自己死个痛快。他拔出手枪，被眼疾手快的卫土士下，不容分说把他架上木板，大家一同登上去，漂了不到五六十米，木板眼看着就往下沉，这些患难与共的弟兄知道木板承受不了这么大的重量，为了旅长的安全，几名卫士“扑通、扑通”跳到江里，谁知这一跳把木板蹬歪了，把陈颐鼎抛到了水里。他挣扎着浮出水面。
从上游开上来的日军兵舰不断地向江面发射曳光弹，并对着水面上逃生的人群扫射，浮在江面上的人们，在曳光弹的照耀下无处藏身，被军舰撞死，子弹打死和被水淹死的不计其数。
一只浮排救了陈颐鼎的命。
教导总队总队长桂永清接到撤退命令以后，回到富贵山地下室向参谋长邱清泉传达以后，就带着10万元奖金和全总队官兵12月份的军饷还有随身细软，匆匆过江逃命了。
12日下午，教导总队2团13连代理连长严开运正在指挥全连官兵在紫金山廖仲恺墓附近的阵地阻击日军，仗打得异常艰苦。
这时，防坦克炮连连长颜希儒跑到严开运的掩蔽部，一见面就嚷起来：“有酒没有？拿来给我喝！”
严开运知道老朋友的这个嗜好，递过酒瓶，颜希儒一饮而尽，抹一把嘴，盯着严开运问：
“现在第一线够吃紧的，稳不稳得住很难说，要是撤退的话，你走不走？”
“有计划的撤退，当然要走；要是没有计划就麻烦了。”
颜希儒听了冷笑一声：“还能有计划么！”
严开运摸不清他到底想说什么：“那你准备怎么办？”
“不管怎样撤退，我都不走了”说着，颜希儒从腰里取出两颗用绳拴着的卵形手榴弹，一手拿一个，无限感慨地说：
“你看，够本了吧！”
严开运以为他是一时激愤，就劝道：“有命令撤退的话，还是照命令办吧。”
颜希儒听了没有说话，和老朋友紧紧握了握手，转身回阵地去了。
下午4时左右，13连击落了一架日军飞机，总队规定，击落敌机一架发奖金500元。严开运兴冲冲地跑到指挥部领奖金，没想到奖金没领到，领到的却是一道撤退命令。
指挥部地下室里，早已见不到桂永清的影子，空荡荡的屋里，只有一个人呆呆的坐在木凳上，严开运仔细一看，原来是总队参谋长邱清泉。邱清泉嘴上叼着香烟在昏暗的地下室里若明若暗，他见严开运进来，就问：“有什么事？”
严开运把打下敌机的情况向他汇报以后，邱清泉说：“打得好，奖金以后再发给你们。”接着，他好像突然想起什么似地问：
“撤退命令你接到没有？”
“没有哇！”
“现在准备撤退，你回去马上行动，队伍先到马标集合，再渡江到浦口。”
严开运临走时，看见邱清泉一言不发，左手拿着左轮手枪，右手拿着子弹，一颗颗地装填，然后，把手枪往腰里一插，仍旧坐在凳子上抽烟。一个参谋过来劝他撤退，他吩咐参谋烧掉文件后先走：“我先不走，部队还没走完……”
严开运带着队伍向江边撤退，突然，一只手拉住了他的衣角，一个受重伤的军官哀求他：“请你做个好事，补我一火吧！免得留下来受罪。”严开运实在不忍心，只好违心地说：“后边有担架来了，你等等，我们还有任务。”这时，严开运忽然想起参谋长邱清泉还留在地下室里，也不知他现在怎么样了。他哪里知道，此时的邱清泉还在地下室没走，等到后来部队撤得差不多了，日军已经攻进了城，邱清泉和教导总队第5团团长睢友兰，教导总队第2旅中校参谋廖耀湘等几个人，在混乱之中渡江无望，突围不成，只好换上便装，混在老百姓里，几经周折，终于逃出了南京城这座人间地狱。
12月14日，在滁县北宋欧阳修曾留下著名诗篇的琅琊山醉翁亭，唐生智心烦意乱，真想也来他个一醉方休。逃出南京的卫戍司令长官部的几位正副长官失魂落魄地聚在一起，一个个惊魂未定，愁眉不展，唐生智长叹了口气说：
“我打了一辈子仗，从来没有打过这样糟的仗。我对不起国人，也对不起自己。”
他羞愤交加地抬起头来，一眼看见刚刚进来的运输司令周鳌山。唐生智猛地一掌拍下去，把桌子上的茶杯都震得跳了起来，大声喝道：“你是干什么吃的!把我的几千伤兵都丢在江那边让日本人杀了！”
周鳌山吓得吱吱唔唔地说：“我有什么办法呢？情况变得太快了，我有什么办法？”
“我枪毙你！”唐生智怒不可遏。
其实，唐生智哪里知道，岂止是几干伤兵没有过江。他的10万守军十之六七都没能过江逃生，连同南京城几十万百姓在内，等待他们的是一场惨绝人寰的大屠杀。
12月14日，蒋介石下令撤消只存在了短短20多天，早已名存实亡的南京卫戍司令长官部。