胡乔木将修改稿面交邓小平，将题目改为《科学院工作汇报提纲》，邓小平说，这文件很重要，不单适合科学，而且也适合文化教育各部门。
邓小平同意胡乔木的看法，认为提纲涉及的问题太多，提法太锋利，站不稳，也无必要。文件提出的问题很重要，但不必太尖锐，要加强思想性，正面说道理，做到站得住，攻不倒。
邓要胡乔木与胡耀邦他们议一下，修改由乔木亲自动笔。
胡乔木约胡耀邦等商议修改方案。胡乔木意见是，最主要是要单独增一部分，把科学院讨论稿上引用的毛泽东关于发展科学技术工作的指示重新编排，使之成为有系统的十条，作为中国科学院乃至科技战线的指导方针。胡乔木深知，加上毛泽东的论述，并以之为主线，这决不是可有可无的。胡乔木还认为，应将肯定“二十六年”放到突出的位置，意在肯定文革前“十七年”。其他部分大加压缩，突出整顿这个中心意思。
征得胡耀邦等同意后，胡乔木即着手修改。几天时间，胡乔木就拿出修改稿，将题目改为《科学院工作汇报提纲》，将原稿6部分压缩为3部分：一是中国科学院科研工作的方向任务；二是坚决地、全面地贯彻执行毛主席革命科技路线；三是关于科学院的整顿问题。
第二天，胡乔木将修改稿面交邓小平。邓说，这文件很重要，不单适合科学，而且也适合文化教育各部门。邓接着谈到教育方面存在的问题，忧心忡忡，说教师积极性不高，学生也不用心学，教学质量低，这样下去，怎么能实现四个现代化呢？
按照邓小平的意见，修改稿印发给有关方面，征求意见后再讨论一次。他听到有人对提纲中有关哲学与自然科学关系的论述有些看法，就立即将胡乔木找去，要他搞一个毛泽东以及马、恩、列、斯关于哲学与自然科学关系的论述汇编，作为提纲的附件。
胡乔木回来后，立即召集政研室有关人员，连夜赶编《必须用哲学指导自然科学的研究，但不是用哲学代替自然科学》的材料，收集领袖人物有关论述，作为提纲有关观点的理论依据。
9月底，邓小平主持国务院会议，听取胡耀邦等汇报，并讨论《科学院工作汇报提纲》。
胡乔木被通知参加讨论。在会上，邓小平对目前科研队伍削弱、青黄不接的状况十分忧虑，对科技教育界的大批判十分不满。他一针见血地指出，说什么“白专”，只要对中华人民共和国有好处，比闹派性、拉后腿的人好得多。一点外语知识、数理化知识都没有，还攀登什么高峰？中峰也不行，低峰也有问题。他说，科研工作搞不起来，关键是领导班子问题。对于那些一不懂行、二不热心、三有派性的人，为什么还让他们留在领导班子里？科研人员中有水平有知识的为什么不可以当所长？最后，邓小平明确地指出，“科学技术叫生产力，科技人员是劳动者!”
邓小平要求继续对汇报提纲进行修改，补充一些内容。改好后，先送毛泽东，印发政治局。待毛批准后，即用这个文件指导科技教育界整顿工作。
胡乔木随即召集了政研室的有关人员，连夜加班，完稿后，立即送到毛泽东那里。
病中的毛泽东用20多天时间看完了胡乔木送来的汇报提纲。其中有个问题，他不记得自己曾经说过“科学技术是生产力”这句话。邓小平立即让胡乔木核对出处。后来查出，1963年底，毛在听取聂荣臻汇报时曾说过“科学技术这一仗一定要打，而且必须打好。不搞科学技术，生产力无法提高”等，但没有明确提“科学技术是生产力”。胡乔木将此段文字连同马克思有关这个问题的论述，作为“科学技术是生产力”的注释，附上“汇报提纲第二部分中所引用的毛主席关于科技工作指示的出处”材料，一起报给毛泽东审定。
胡乔木做得十分小心。他深知现在这种形势下在这个问题上是不能出差错的。
邓小平要胡乔木按照毛批回的意见再作修改。当胡遵嘱完成了最后修改退给邓时，已是10月底。这时形势已经发生了变化，邓无法将此件再报送给毛了。
与《工业二十条》和《汇报提纲》齐名的另一个文件，是《论全党全国各项工作的总纲》。引发胡乔木决定写这篇文章的直接因由是，邓小平关于“以三项指示为纲”的强调。三项指示即毛泽东不久前提出的反修防修、安定团结和把国民经济搞上去。邓小平对于“四人帮”割裂三项指示，专讲阶级斗争十分不满，强调要全面宣传毛泽东思想。9月上旬，邓小平特地找政研室负责人开会，指出现在只讲斗争，不讲团结，团结、批评、团结的公式丢掉了，这是对毛泽东提倡的党的三大传统的割裂，对毛主席的指示也各取所需。他要政研室抓紧写文章，文章要新，要摆事实讲道理。
胡乔木决定以全面宣传三项指示为题，写一篇文章，为全面整顿、促进安定团结的局面起推动作用。胡乔木将此任务交给邓力群，他要邓力群收集邓小平有关这方面讲话，将其意思组织到文章中。随后，胡乔木向邓小平汇报了他的想法，邓听后，十分赞同。他说，文章很重要，要抓紧写出来。如果文章写得好，可以约几位副总理先研究一下，再送毛审阅。毛若同意，可以送《人民日报》作为社论发表。
胡乔木吩咐邓力群等，立即着手写出文章，要求文章依据邓小平的几次讲话精神，体现出邓小平全面整顿的指导思想。
10月初，文章初稿完成，题为《论全党全国各项工作的总纲》。送到胡乔木那里后，他认为应从正面讲道理，不宜用批判与论争方式，以免引起不必要麻烦。他要邓力群等回去加紧修改。但是，修改稿还没有来得及返到他那里，就已遭受了《汇报提纲》同样的命运。
胡乔木主持起草上述3个文件，是1975年全面整顿的产物和指导整顿的纲领性文件。就历史指向看，3篇文章多少可以看作邓小平时代来临的第一轮舆论攻势。
除此之外，在1975年的全面整顿中，胡乔木还直接地、更深地参与文艺整顿，这是延安文艺整风以来胡乔木涉身于另一种意义上的文艺整风，使他在此后的中国知识界获得更为广泛的影响。
7月初，毛泽东找邓小平谈话，对文艺界的现状表示不满。他说，“百花齐放都没有了，样板戏太少，而且稍微有点差错就挨批”。毛泽东还说，现在“怕写文章，怕写戏。没有小说，没有诗歌。”
毛泽东还将林默涵写给他的一封信批转给中央，称“周扬一案，似可从轻处理，分配工作，有病的养起来。久关不是办法。”
7月中旬，毛泽东又找江青谈话，提出“党的文艺政策应该调整一下”，“处分人要注意，动不动就要撤职，动不动就要关起来，表现是神经衰弱症”。