蒋介石呢？他倦恹恹地从广州回到老家溪口不多日，一九二四年二月二十九日便接到孙中山发来的电报：“沪执行部转介石兄：军官学校，以兄担任，故遂开办。现在筹备既着手进行，经费亦有着落。军官及学生远方来者逾数百人，多为慕兄主持校务，不应使热诚倾向者失望而去。且兄在职，辞呈未准，何得拂然而行？希即返，勿延误！”孙中山的电报，使蒋介石在失落之中得到鼓舞，内中“多为慕兄主持校务”一句表明，他在孙中山心目中颇为重要。于是，他在三月二日复孙中山，陈明自己“拂然而行”的缘由：“受人妒忌排挤，积成嫌隙，由来者渐，非一朝一夕之故也……”蒋介石的话表明，他在国民党内也非“春风得意”，而是“受人妒忌排挤”，所以连国民党“一全”代表都未曾选上。再说，在他当时看来，主持黄埔军校校务，并非要职，更何况传说以“程潜为校长，蒋介石、李济深为副校长”《包惠僧回忆录》，一五一页，人民出版社一九八三年版。要蒋介石屈居程潜之下，作为一名副校长，这更使他“拂然而行”。继孙中山的电报之后，廖仲恺又发了三通电报给蒋介石，催他南下。蒋介石又磨磨蹭蹭了一阵，在四月十四日才打点行装启程，二十一日到达广州拜见孙中山。四月二十六日，蒋介石终于到任，在黄埔军校作训词《牺牲为革命党惟一要旨》。翌日，又作训词《怎样才是真正的革命党员》。五月二日，孙中山任命蒋介石为黄埔军校校长，兼粤军总司令部参谋长。这一天对于蒋介石来说是历史性的日子，是他手握军权的开始——虽说当时的他并未完全意识到这一任命是他一生政治生涯的里程碑。从此，人称“蒋校长”，这是他第一个带官衔的称谓。即使他后来成为总裁、总统，他的老部下依然喜欢称他“蒋校长”——表明当年曾是他的学生，显得更为亲昵。
身为一校之长，时时处处为学生表率。蒋介石每日清早一听到起床号就翻身下床，军服笔挺，风纪扣严严实实，三天两头向学生发表训话，入夜则悄然巡视于各宿舍、教室……蒋介石养成了军人生活习惯。
孙中山自任黄埔军校总理，任命廖仲恺为党代表。党代表一职是中国军队中从未有过的，是仿照苏联红军建制设立的。六月十六日，黄埔长洲岛上飘扬着青天白日满地红之旗，高悬着红色横幅，只是横幅上的字自右至左横写（如今中国大陆习惯于自左至右横写）：“中国国民党陆军军官学校开学典礼”。操场上，响起嘹亮的快节奏的国民革命军军歌：打倒列强，打倒列强，除军阀，除军阀，国民革命成功，国民革命成功，齐欢唱，齐欢唱。孙中山在如雷般的掌声中发表演说。他的一席话，说出了创办黄埔军校的宗旨：“我们今天要创办这个学校，是有什么希望呢？就是要从今天起，把革命的事业重新来创造，要用这个学校内的学生做根本，成立革命军。”孙中山痛切地说：“中国革命所以迟迟不能成功的原因，就是没有自己的革命武装……现在为了完成我们的革命使命，所以我才下定决心改组国民党，建自己的革命军队。”头戴黑檐大盖帽，身穿四个衣袋军服的蒋介石，听着总理这番话，对于校长一职的重要性，有了深层次的认识……